敢死隊「罡甲」為了尋找黃金鄉而踏上旅途。他們靠著隊員之一的布耶可所持有的「星之指南針」持續於未開發的海域航行。某天，暴風雨襲擊罡甲隊的船團，其他船隻接連被巨浪吞噬，而布耶可在這時注意到指南針紋風不動地指向某個地方。就在她隨即告知隊長瓦茲加時，一座小島出現在風暴的另一端。罡甲隊歷經千辛萬苦，終於抵達了那座島。而在那裡，他們發現了一個深不見底的巨型大洞。
結束與彭多爾多之間的壯烈戰鬥後，莉可、雷格及奈奈祈三人在這趟有去無回的「絕界行」的最後終於抵達深界六層。莉可興致盎然地觀察著從未見過的建築物和生物，並再次寫信，送出電報船給孤兒院的同伴們，然而電報船卻在她面前被巨大的原生生物攔截。同一時間，某個可疑的影子悄悄地向繼續探窟的莉可等人身後靠近……
在尋找被人搶走的白笛普魯修卡時，莉可、雷格及奈奈祈來到了一座不可思議的村子，那裡是擁有智能的「慘劇終末」們居住生活的地方。村子一位名叫瑪其卡恰的居民向納悶不已的三人搭話，說要帶他們看看村子。他們一邊保持警戒，一邊跟在似乎知道白笛所在處的瑪其卡恰身後。一行人來到村裡的工房，看到一個慘劇終末正在將白笛刨削加工。雷格連忙想上前阻止，但莉可卻感覺到普魯修卡對此並不反感。
雷格面前出現了被稱為慘劇終末公主的法普妲以及神秘人偶卡布倫。雖然法普妲似乎認識雷格，但雷格因為記憶模糊的關係無法清楚回想起來。另一方面，奈奈祈在村裡的市場尋找水和水果要給吃壞肚子的莉可。瑪其卡恰告訴奈奈祈在村裡必須使用「價值」來交易，而在思考對自己來說的「價值」是甚麼的時候，奈奈祈想起了「米蒂」……
瑪其卡恰告訴奈奈祈「米蒂是三賢的貝拉弗在使用的」。而當她來到貝拉弗的住處時，竟看到本來應該早已告別的米蒂出現在那裡。對於方寸大亂的奈奈祈，貝拉弗詢問道「你是為了甚麼而來？」。另一方面，和法普妲分別後的雷格打算回去村子卻迷了路。就在他被龍娑彩糾纏不休地攻擊時，卡布倫出手救了他。
莉可試圖挽回以自己為「價值」並將自己賣掉的奈奈祈，貝拉弗要求她要付出「雙眼、雙腳或一半的內臟」作為相對的代價。儘管煩惱不已，莉可還是做好了決定，但瑪其卡恰卻搶在前一刻說「不管被拿走什麼都會完蛋」並阻止了她。而奈奈祈更是不願意離開米蒂，還要莉可別管他，因此瑪其卡恰便強行帶離莉可。就在這時，原生生物大雲霞突然闖進來襲擊村子。
坦承自己是敢死隊「罡甲」倖存者的布耶可向莉可等人說起了「慘劇終末村」不祥的成立經過。在過去，罡甲隊在瓦茲強的率領下來到了「不歸之都」。發現黃金鄉的喜悅只讓他們開心半刻，很快他們就注意到升降所造成的異形詛咒讓他們再也無法回到地面。儘管隊員們下定決心要作為黃金鄉的第一批居民在此生活，但他們卻在確保糧食和水源方面碰上了困難。
罡甲隊的隊員接連因為「擬態水」的侵蝕而倒下，最後連布耶可也發病了。不過在吃下瓦茲強給的「香氣撲鼻的東西」之後，布耶可就恢復了健康。同樣地，貝拉弗也康復了，但他卻對於吃了那個「香氣撲鼻的東西」而深感後悔，甚至因此精神失常。瓦茲強氣定神閒地把猶疑不安的布耶可帶到咿嚕繆咿的身邊，而布耶可在那裡看到的竟是
為了從貝拉弗手中奪回奈奈祈，雷格向法普妲表示想要她一部分的身體。法普妲以履行「某個約定」為條件，毫不猶豫地扯下自己的一部分交給雷格。雖然身為「不滅」的法普妲神色自若，對於雷格的擔心不以為然，但血的氣味卻讓野獸喪失了理智。雷格連忙將法普妲身體的一部分帶回「慘劇終末村」，但對於是否該履行和她的約定，他卻始終得不出結論。
由於雷格的火葬炮而得以闖入「慘劇終末村」的法普妲誓言要對所有村民復仇。在村子遭到破壞的同時，陷入沉睡的奈奈祈醒了過來。貝拉弗將自己的價值和記憶託付給奈奈祈並放他自由，但他告訴奈奈祈，一旦越過邊界線，米蒂就會消失。奈奈祈面臨抉擇，必須決定要再次和米蒂道別，前往莉可和雷格身邊，還是留下來和米蒂永遠在一起。
儘管雷格腦中浮現了法普妲的笑容及哭泣的臉龐等零碎記憶，他卻依然無法清楚回想起過去的事情。阻止不了法普妲失控的他，在遭到攻擊後就這樣失去了意識。結束與雷格之間的搏鬥後，法普妲進一步將憤怒的矛頭指向莉可，對她展開了攻擊，然而卡布倫卻挺身出面制止她的行動。震驚的法普妲怒氣不減，試圖再次出手攻擊莉可，這時卻出現……
莉可、雷格及奈奈祈與瑪其卡恰等人一起在逐漸崩塌瓦解的「慘劇終末村」中逃難，並與倒臥在地、動彈不得的瓦茲強對峙。瓦茲強問莉可是否慶幸來到此地，並說起了自己想達成的目的究竟為何。另一方面，體會到新記憶與價值的法普妲為了達成自己的使命，再次與襲擊村子的原生生物交戰。
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